Tras una multitudinaria presentación en la capital de Perú, los participantes recorrieron los 250 kilómetros de enlace que separan Lima de la ciudad de Pisco, en un trazado que discurría paralelo a la costa. Una vez allí, los participantes afrontaron una especial de 13 kilómetros en forma de bucle, por los alrededores de Pisco.
El más rápido fue el madrileño, arlos Sainz, quien a los mandos de su recién estrenado buggy de tracción trasera ha logrado su 25ª victoria de etapa en el Dakar. Tras él se situaron el Toyota Hilux del argentino Lucio Álvarez y el buggy SMG del ex esquiador francés, Guerlain Chicherit.
El compañero de equipo de Sainz, Nasser Al Attiyah, ocupó la cuarta posición, lo cual significa que de los cinco primeros clasificados en esta especial, cuatro son vehículo tipo buggy. El top ten se completó con los cuatro Mini del equipo X-Raid –entre ellos el de Nani Roma, en décima posición– y el Toyota Hilux del ganador de 2008, el sudafricano Giniel de Villiers.
Las diferencias entre los 10 primeros clasificados no han sido significativas, ya que entre Sainz y Roma apenas a habido 37 segundos, sin embargo quien sí tuvo una jornada nefasta fue el estadounidense Robby Gordon, que cedió más de diez minutos al quedarse enganchado en una duna. Aunque peor aún resultó la jornada para el bilbaíno Ignacio Corcuera quien se quedó a cinco kilómetros de terminar el enlace por u problema en la bobina del motor de su Polaris. Ni siquiera la ayuda de los mecánicos del piloto peruano Ricardo Medina sirvió para que «Livingstone» pudiera llegar a la meta dentro del tiempo máximo establecido por la organización. Así, que el Dakar termina para el equipo Euskadi 4×4 antes de la primera especial.
En la categoría de camiones la victoria se la ha adjudicado el vigente ganador de la prueba, el holandés Gerard De Rooy a los mandos de un Iveco, seguido por su compañero de equipo y primo, Hans Stacey. Tras ellos se ha situado el checo Karel Loprais con un Tatra.
La segunda etapa, con salida y llegada en la ciudad de Pisco, cuenta con un enlace de 85 kilómetros, tras los cuales los participantes deben enfrentarse a 250 kilómetros de especial donde la tierra se alternará con la arena y las dunas y donde ya se empezarán a marcar diferencias importantes.
Clasificación de la etapa/ Coches
| Pos. | Dorsal | Piloto/Copiloto | Vehículo | Tiempo | Dif. con 1º |
| 1 | 303 | Sainz (Esp)/Gottschalk (Deu) | Buggy | 00:07:40 | — |
| 2 | 306 | Álvarez (Arg)/Graue (Arg) | Toyota | 00:07:48 | 00:00:08 |
| 3 | 309 | Chicherit (Fra)/Garcin (Fra) | SMG | 00:07:50 | 00:00:10 |
| 4 | 300 | Al-Attiyah (Qat)/Cruz (Esp) | Buggy | 00:07:50 | 00:00:10 |
| 5 | 316 | Chabot (Fra)/Pillot (Fra) | SMG | 00:07:52 | 00:00:12 |
| 6 | 310 | Holowczyc (Pol)/Palmeiro (Prt) | Mini | 00:08:14 | 00:00:34 |
| 7 | 307 | Novistkiy (Rus)/Zhiltsov (Rus) | Mini | 00:08:14 | 00:00:34 |
| 8 | 302 | Peterhansel (Fra)/Cottret (Fra) | Mini | 00:08:14 | 00:00:34 |
| 9 | 301 | De Villiers (Zaf)/Von Zitzewitz (Deu) | Toyota | 00:08:15 | 00:00:35 |
| 10 | 305 | Roma (Esp)/Périn (Fra) | Mini | 00:08:17 | 00:00:37 |
