Así lo explicaba el propio Sainz: «Lo que nos pasó en la etapa de ayer fue muy extraño. Un white point lo llegamos a pasar tres o cuatro veces antes de continuar adelante. Íbamos para arriba, para abajo y dando vueltas y más vueltas porque sabíamos que estábamos en el lugar correcto. Al final decidimos seguir adelante con la etapa porque no podíamos encontrar ese punto de control. Fue una decisión arriesgada, porque si no pasas por todos los puntos de la ruta en la etapa te puede costar una importante penalización de tiempo. Cuando seguimos adelante, a unos 3 kilómetros, nos dio la confirmación de haber pasado por allí».
Esta circunstancia hizo perder al madrileño más de 21 minutos al final de la etapa, respecto al teórico ganador de la etapa, el vigente campeón del Dakar, Stephane Peterhansel (Mini). Sainz llegó a la meta bastante contrariado y expuso a los medios de comunicación lo que él entendía que era un problema de funcionamiento del GPS. En un principio la organización atribuyó su pérdida de tiempo a una elección del trazado equivocada, pero posteriormente la reclamación interpuesta por el equipo Qatar-Red Bull fue estimada por la dirección de carrera y, tras verificar que efectivametne había un error de funcionamiento en el GPS, le fue restado el retraso a cumulado. De esta manera Sainz conseguía la victoria de etapa y ampliaba su ventaja al frente de la clasificación general, en la que ahora le separan cinco minutos de Stephane Peterhansel, principal favorito para alzarse con la victoria.
La jornada fue aciaga para Nani Roma, quien cedió 27 minutos en la meta debido a un error de navegación y a un pinchazo que obligó a detener su Mini hasta tres veces para solucionar este contratiempo. Nasser Al Attiyah, compañero de equipo de Sainz, cedió 15 minutos y Giniel de Villiers, ganador de 2009, acabó tercero scratch, a siete minutos del buggy del madrileño.
En camiones volvió a imponerse el holandés De Rooy (Iveco), seguido a un minuto por el Tatra del checo Ales Loprais, mientras que el primer Kamaz –pilotado por el ruso Eduard Nikolaev– finalizó a más de 18 minutos del Iveco de De Rooy. La nota amarga en el equipo Iveco la puso Hans Stacey –segundo en la anterior etapa– que volcó su camión después de ir marcando el mejor tiempo intermedio.
La tercera etapa entre Pisco y Nazca, con 243 kilómetros contra el crono, será incluso más selectiva que la anterior, con tramos de dunas más complicados en la primera parte y algo más llevaderos en la segunda mitad, donde los participantes podrán elevar la media de velocidad.
Clasificación de la etapa en coches
| Pos. | Dorsal | Piloto/copiloto | Vehículo | Tiempo | Diferencia a 1º |
| 1 | 303 | Sainz (ESP)/Gottschalk (DEU) | Buggy | 02:32:15 | – |
| 2 | 302 | Peterhansel (FRA)/Cottret (FRA) | Mini | 02:35:38 | 00:03:23 |
| 3 | 301 | De Villiers (ZAF)/Von Zitzewitz (DEU) | Toyota | 02:38:13 | 00:05:58 |
| 4 | 316 | Chabot (FRA)/Pillot (FRA) | SMG | 02:40:30 | 00:08:15 |
| 5 | 313 | Terranova (ARG)/Fiuza (PRT) | BMW | 02:41:04 | 00:08:49 |
| 6 | 307 | Novistkiy (RUS)/Zhiltsov (RUS) | Mini | 02:45:11 | 00:12:56 |
| 7 | 300 | Al-Attiyah (QAT)/Cruz (ESP) | Buggy | 02:47:15 | 00:15:00 |
| 8 | 306 | Álvarez (ARG)/Graue (ARG) | Toyota | 02:49:23 | 00:17:08 |
| 9 | 310 | Holowczyc (POL)/Palmeiro (PRT) | Mini | 02:49:38 | 00:17:23 |
| 10 | 308 | Sousa (PRT)/Ramalho (PRT) | Great Wall | 02:50:11 | 00:17:56 |
Clasificación general en coches
| Pos. | Dorsal | Piloto/copiloto | Vehículo | Tiempo | Diferencia a 1º |
| 1 | 303 | Sainz (ESP)/Gottschalk (DEU) | Buggy | 02:55:15 | – |
| 2 | 302 | Peterhansel (FRA)/Cottret (FRA) | Mini | 03:00:20 | 00:05:05 |
| 3 | 301 | De Villiers (ZAF)/Von Zitzewitz (DEU) | Toyota | 03:02:58 | 00:07:43 |
| 4 | 316 | Chabot (FRA)/Pillot (FRA) | SMG | 03:04:06 | 00:08:51 |
| 5 | 313 | Terranova (ARG)/Fiuza (PRT) | BMW | 03:06:46 | 00:11:31 |
| 6 | 307 | Novistkiy (RUS)/Zhiltsov (RUS) | Mini | 03:09:53 | 00:14:38 |
| 7 | 306 | Álvarez (ARG)/Graue (ARG) | Toyota | 03:12:47 | 00:17:32 |
| 8 | 310 | Holowczyc (POL)/Palmeiro (PRT) | Mini | 03:14:20 | 00:19:05 |
| 9 | 308 | Sousa (PRT)/Ramalho (PRT) | Great Wall | 03:16:08 | 00:20:53 |
| 10 | 321 | Errandonea (AND)/Debron (FRA) | SMG | 03:17:35 | 00:22:20 |
